Een werkgever kan twee soorten kosten verrekenen met de transitievergoeding: transitiekosten en de inzetbaarheidskosten. Transitiekosten zijn kosten voor de overgang (transitie) van-werk-naar-werk. Het gaat hier dus om kosten die verband houden met het einde van het dienstverband. Voorbeelden hiervan zijn kosten voor outplacement of eventuele omscholing.
Inzetbaarheidskosten daarentegen staan los van het einde van het dienstverband, en van de functie van werknemer. Een voorbeeld hiervan is een cursus persoonlijke ontwikkeling.
Het verrekenen van transitie- en/of inzetbaarheidskosten kan er dus voor zorgen dat de transitievergoeding lager uitvalt. Voor verrekening van deze kosten gelden wel strenge regels.